mishin05 (mishin05) wrote,
mishin05
mishin05

Categories:

Ради получение грантов современное научное сообщество готово пойти на любую подлость - 2


Отсюда в переводе Гугла:

Можно только представить реакцию Дашака, когда через несколько дней он услышал о вспышке эпидемии в Ухане. Он лучше, чем кто-либо, знал бы цель Уханьского института сделать коронавирусы летучих мышей заразными для человека, а также слабые места в защите института от заражения их собственных исследователей.

Но вместо того, чтобы предоставить органам здравоохранения обширную информацию, имеющуюся в его распоряжении, он немедленно начал кампанию по связям с общественностью, чтобы убедить мир в том, что эпидемия не могла быть вызвана одним из вирусов, созданных институтом. «Мысль о том, что этот вирус сбежал из лаборатории, - чистая чепуха. Это просто неправда », - заявил он в интервью в апреле 2020 года .

Меры безопасности в Уханьском институте вирусологии. Дашак, возможно, не знал, или, возможно, слишком хорошо знал, о долгой истории вирусов, убегающих даже из лучших лабораторий. Вирус оспы трижды ускользал из лабораторий в Англии в 1960-х и 1970-х годах, вызвав 80 случаев заболевания и 3 смерти. С тех пор опасные вирусы утекают из лабораторий почти каждый год. Обращаясь к более позднему времени, вирус SARS1 показал себя настоящим мастером побега: он просачивался из лабораторий Сингапура, Тайваня и не менее четырех раз из Китайского национального института вирусологии в Пекине.

Одна из причин, по которой с SARS1 так сложно справиться, заключается в том, что не было доступных вакцин для защиты лабораторных работников. Как упоминал Дашак в цитированном выше интервью 19 декабря, исследователи из Ухани тоже не смогли разработать вакцины против коронавирусов, которые они разработали для заражения человеческих клеток. Они были бы так же беззащитны против вируса SARS2, если бы он был создан в их лаборатории, как их пекинские коллеги были против SARS1.

Вторая причина серьезной опасности новых коронавирусов связана с требуемым уровнем лабораторной безопасности. Существует четыре степени безопасности, обозначаемые от BSL1 до BSL4, причем BSL4 является наиболее строгим и предназначен для смертельных патогенов, таких как вирус Эбола.

В Уханьском институте вирусологии появилась новая лаборатория BSL4, но ее готовность значительно встревожила инспекторов Госдепартамента, которые посетили ее из посольства в Пекине в 2018 году. «В новой лаборатории остро ощущается нехватка должным образом подготовленных технических специалистов и исследователей, необходимых для безопасной работы. эта лаборатория с высоким уровнем защиты », - написали инспекторы в телеграмме от 19 января 2018 года.

Однако настоящая проблема заключалась не в небезопасном состоянии лаборатории BSL4 в Ухане, а в том, что вирусологи во всем мире не любят работать в условиях BSL4. Вы должны носить скафандр, выполнять операции в закрытых шкафах и соглашаться с тем, что все это займет вдвое больше времени. Таким образом, правила, приписывающие каждому виду вируса определенный уровень безопасности, были слабее, чем некоторые могли подумать разумными.

До 2020 года правила, которым следуют вирусологи в Китае и других странах, требуют, чтобы эксперименты с вирусами SARS1 и MERS проводились в условиях BSL3. Но все другие коронавирусы летучих мышей можно изучить в BSL2, на следующий уровень ниже. BSL2 требует принятия минимальных мер предосторожности, таких как ношение лабораторных халатов и перчаток, недопущение всасывания жидкостей в пипетку и размещение предупреждающих знаков о биологической опасности. Тем не менее, эксперимент с усилением функции, проведенный в BSL2, может привести к появлению более заразного агента, чем SARS1 или MERS. А если бы это было так, то у сотрудников лаборатории была бы высокая вероятность заражения, особенно если они не были вакцинированы.

Большая часть работы Ши по усилению функции коронавирусов была выполнена на уровне безопасности BSL2, как указано в ее публикациях и других документах. Она сказала в интервью с Научным журналом , что «[т] он коронавирус исследование в нашей лаборатории проводится в BSL-2 или BSL-3 лаборатории.»

«Совершенно очевидно, что часть или вся эта работа выполнялась с использованием стандарта биобезопасности - уровня биобезопасности 2, уровня биобезопасности стандартного стоматологического кабинета США, - что представляло бы неприемлемо высокий риск заражения персонала лаборатории при контакте с вирусом. обладает передаточными свойствами SARS-CoV-2 », - говорит Эбрайт.

«Также ясно, - добавляет он, - что эту работу никогда не следовало финансировать и никогда не следовало выполнять».

Он придерживается этой точки зрения независимо от того, попадал ли вирус SARS2 в лабораторию или нет.

Обеспокоенность условиями безопасности в Уханьской лаборатории, похоже, не зря. Согласно информационному бюллетеню, опубликованному Государственным департаментом 15 января 2021 года, «у правительства США есть основания полагать, что несколько исследователей внутри WIV заболели осенью 2019 года, до первого выявленного случая вспышки, с симптомами, совместимыми с обоими заболеваниями. COVID-19 и общие сезонные болезни ».

Дэвид Ашер, сотрудник Института Гудзона и бывший консультант Государственного департамента, более подробно рассказал об инциденте на семинаре . По его словам, сведения об инциденте были получены из общедоступной информации и «некоторой высококачественной информации, собранной нашим разведывательным сообществом». Три человека, работающие в лаборатории BSL3 в институте, заболели в течение недели друг от друга с серьезными симптомами, которые потребовали госпитализации. Это был «первый известный нам кластер жертв того, что мы считаем COVID-19». По его словам, нельзя полностью исключить грипп, но в данных обстоятельствах это представляется маловероятным.

Сравнение конкурирующих сценариев происхождения SARS2. Приведенные выше свидетельства составляют серьезный случай, что вирус SARS2 мог быть создан в лаборатории, из которой он затем сбежал. Но это дело, каким бы существенным оно ни было, не имеет доказательств. Доказательство будет состоять из доказательств из Уханьского института вирусологии или связанных лабораторий в Ухани, что SARS2 или вирус-предшественник разрабатывались там. Из-за отсутствия доступа к таким записям другой подход состоит в том, чтобы взять некоторые важные факты о вирусе SARS2 и спросить, насколько хорошо каждый из них объясняется двумя конкурирующими сценариями происхождения: естественным появлением и побегом из лаборатории. Вот четыре проверки двух гипотез. У пары есть некоторые технические подробности, но они являются одними из самых убедительных для тех, кто хочет следовать аргументу.

1) Место происхождения. Начнем с географии. Два ближайших известных родственника вируса SARS2 были получены от летучих мышей, живущих в пещерах в провинции Юньнань на юге Китая. Если бы вирус SARS2 сначала заразил людей, живущих вокруг пещер Юньнани, это решительно поддержало бы идею о том, что вирус распространился на людей естественным путем. Но этого не произошло. Пандемия разразилась в 1500 километрах от города Ухань.

Бета-коронавирусы, семейство вирусов летучих мышей, к которому принадлежит SARS2, заражают подковообразную летучую мышь Rhinolophus affinis , обитающую на юге Китая. Дальность действия летучих мышей составляет 50 километров, поэтому маловероятно, что кто-то добрался до Ухани. В любом случае первые случаи пандемии COVID-19, вероятно, произошли в сентябре, когда температуры в провинции Хубэй уже достаточно низкие, чтобы отправить летучих мышей в спячку.

Что, если вирусы летучей мыши сначала заразили какой-то промежуточный хозяин? Вам понадобится постоянная популяция летучих мышей в частой близости с промежуточным хозяином, который, в свою очередь, часто должен пересекаться с людьми. Все эти обмены вирусами должны происходить где-то за пределами Ухани, оживленного мегаполиса, который, насколько известно, не является естественной средой обитания колоний летучих мышей Rhinolophus . Зараженный человек (или животное), являющийся носителем этого высоконаследственного вируса, должен был приехать в Ухань, никого не заразив. Никто в его или ее семье не заболел. Если человек прыгнул в поезд, идущий в Ухань, ни один попутчик не заболел.

Другими словами, достаточно сложно заставить пандемию естественным образом разразиться за пределами Ухани, а затем, не оставляя никаких следов, появиться там впервые.

Для сценария побега из лаборатории нетрудно определить происхождение вируса из Ухани. Ухань является домом для ведущего китайского центра исследований коронавируса, где, как отмечалось выше, исследователи генетически сконструировали коронавирусы летучих мышей для атаки на человеческие клетки. Они делали это в условиях минимальной безопасности лаборатории BSL2. Если бы там был создан вирус с неожиданной заразностью SARS2, его побег не стал бы сюрпризом.

2) Естественная история и эволюция. Первоначальное местонахождение пандемии - это небольшая часть более крупной проблемы, связанной с ее естественной историей. Вирусы не совершают одноразовые прыжки от одного вида к другому. Белок-шип коронавируса, адаптированный для атаки на клетки летучих мышей, нуждается в повторных переходах к другому виду, большинство из которых терпят неудачу, прежде чем он получит удачную мутацию. Мутация - изменение одной из его единиц РНК - вызывает включение другой аминокислотной единицы в его спайковый белок и делает спайковый белок более способным атаковать клетки некоторых других видов.

Посредством еще нескольких таких корректировок, вызванных мутациями, вирус адаптируется к своему новому хозяину, скажем, к какому-то животному, с которым летучие мыши часто контактируют. Затем весь процесс возобновляется по мере того, как вирус перемещается от этого промежуточного хоста к людям.


В случае SARS1 исследователи задокументировали последовательные изменения в его спайковом белке по мере того, как вирус шаг за шагом эволюционировал в опасный патоген. После того, как он перешел от летучих мышей в циветты, в его шиповатом белке произошло еще шесть изменений, прежде чем он стал легким патогеном у людей. После еще 14 изменений вирус был намного лучше адаптирован для людей, а после еще четырех изменений эпидемия началась .

Но если вы посмотрите на отпечатки аналогичного перехода в SARS2, вас ждет странный сюрприз. Вирус практически не изменился, по крайней мере, до недавнего времени. С самого первого появления он был хорошо адаптирован к клеткам человека. Исследователи под руководством Алины Чан из Института Броада сравнили SARS2 с SARS1 на поздней стадии, который к тому времени был хорошо адаптирован к человеческим клеткам, и обнаружили, что оба вируса были одинаково хорошо адаптированы. «К тому времени, когда SARS-CoV-2 был впервые обнаружен в конце 2019 года, он был уже предварительно адаптирован к передаче от человека в степени, аналогичной поздней эпидемии SARS-CoV», - пишут они .

Даже те, кто считает лабораторное происхождение маловероятным, согласны с тем, что геномы SARS2 удивительно однородны. Барич пишет, что «ранние штаммы, идентифицированные в Ухане, Китай, демонстрировали ограниченное генетическое разнообразие, что позволяет предположить, что вирус мог быть занесен из одного источника».

Единый источник, конечно, был бы совместим с побегом из лаборатории, в меньшей степени с огромным разнообразием и отбором, которые являются отличительной чертой эволюции в ведении бизнеса.

Единая структура геномов SARS2 не дает никаких намеков на прохождение через промежуточное животное-хозяин, и такой хозяин не был идентифицирован в природе.

Сторонники естественного возникновения предполагают, что SARS2 инкубировался в еще не обнаруженной человеческой популяции, прежде чем приобрел свои особые свойства. Или что он прыгнул на животное-хозяина за пределами Китая.

Все эти домыслы возможны, но натянуты. У сторонников лабораторной утечки есть более простое объяснение. SARS2 был адаптирован к человеческим клеткам с самого начала, потому что он был выращен на гуманизированных мышах или в лабораторных культурах человеческих клеток, как описано в грантовом предложении Дашака. Его геном мало разнообразен, потому что отличительной чертой лабораторных культур является однородность.

Сторонники побега из лаборатории шутят, что, разумеется, вирус SARS2 заразил промежуточный вид-хозяин, прежде чем распространиться среди людей, и что они идентифицировали его - гуманизированную мышь из Уханьского института вирусологии.

3) Сайт расщепления фурина. Сайт расщепления фурином - это малая часть анатомии вируса, но она оказывает большое влияние на его инфекционность. Он находится в середине белка шипа SARS2. Это также лежит в основе загадки происхождения вируса.

Белок спайка состоит из двух субъединиц с разными ролями. Первый, называемый S1, распознает мишень вируса, белок, называемый ангиотензинпревращающим ферментом-2 (или ACE2), который исследует поверхность клеток, выстилающих дыхательные пути человека. Второй, S2, помогает вирусу, однажды закрепившемуся в клетке, слиться с клеточной мембраной. После того, как внешняя мембрана вируса слилась с мембраной пораженной клетки, вирусный геном вводится в клетку, захватывает ее белковые механизмы и заставляет генерировать новые вирусы.

Но это вторжение не может начаться, пока субъединицы S1 и S2 не будут разделены. И там, прямо на стыке S1 / S2, находится сайт расщепления фурином, который гарантирует, что белок-спайк будет расщеплен именно в нужном месте.

Вирус, являющийся образцом экономического замысла, не имеет собственного ножа. Он полагается на клетку, которая делает расщепление для него. На поверхности клеток человека есть инструмент для разрезания белков, известный как фурин. Furin перережет любую белковую цепь, которая несет свой целевой участок разрезания. Это последовательность аминокислотных единиц пролин-аргинин-аргинин-аланин, или PRRA в коде, который обозначает каждую аминокислоту буквой алфавита. PRRA - это аминокислотная последовательность в центре сайта расщепления фурином SARS2.

У вирусов есть множество хитростей, так почему же выделяется сайт расщепления фурином? Из-за всех известных бета-коронавирусов, связанных с SARS, только SARS2 обладает сайтом расщепления фурином. У всех остальных вирусов единица S2 расщепляется в другом сайте и по другому механизму.

Как же тогда SARS2 приобрел свой сайт расщепления фурином? Либо сайт эволюционировал естественным путем, либо он был вставлен исследователями в соединение S1 / S2 в эксперименте по увеличению функциональности.

Сначала рассмотрите естественное происхождение. Вирусы эволюционируют двумя способами: путем мутации и рекомбинации. Мутация - это процесс случайного изменения ДНК (или РНК для коронавирусов), который обычно приводит к замене одной аминокислоты в белковой цепи на другую. Многие из этих изменений наносят вред вирусу, но естественный отбор сохраняет те немногие, которые делают что-то полезное. Мутация - это процесс, с помощью которого спайковый белок SARS1 постепенно переключал свои предпочтительные клетки-мишени с таковых летучих мышей на циветты, а затем на людей.

Мутация кажется менее вероятным способом создания сайта расщепления фурином SARS2, хотя полностью исключить его нельзя. Все четыре аминокислотных единицы сайта собраны вместе и находятся в нужном месте в соединении S1 / S2. Мутация - это случайный процесс, запускаемый ошибками копирования (при создании новых вирусных геномов) или химическим распадом геномных единиц. Таким образом, он обычно влияет на отдельные аминокислоты в разных точках белковой цепи. Цепочка аминокислот, подобная той, что находится в сайте расщепления фурином, с гораздо большей вероятностью будет получена целиком посредством совершенно другого процесса, известного как рекомбинация.

Рекомбинация - это непреднамеренная замена геномного материала, которая происходит, когда два вируса вторгаются в одну и ту же клетку, и их потомство собирается из кусочков РНК, принадлежащих другому. Бета-коронавирусы будут объединяться только с другими бета-коронавирусами, но могут приобретать путем рекомбинации практически любой генетический элемент, присутствующий в коллективном геномном пуле. Чего они не могут получить, так это элемента, которым не обладает пул. И ни один из известных бета-коронавирусов, связанных с SARS, класса, к которому принадлежит SARS2, не обладает сайтом расщепления фурином.

Сторонники естественного возникновения говорят, что SARS2 мог перенять сайт от какого-то еще неизвестного бета-коронавируса. Но бета-коронавирусы, связанные с атипичной пневмонией летучих мышей, очевидно, не нуждаются в сайте расщепления фурином для заражения клеток летучих мышей, поэтому нет большой вероятности, что какой-либо из них действительно обладает им, и, действительно, до сих пор не обнаружен.

Следующим аргументом сторонников является то, что SARS2 приобрел свой сайт расщепления фурином от людей. Предшественник SARS2 мог циркулировать в человеческой популяции в течение месяцев или лет, пока в какой-то момент не приобрел сайт расщепления фурином из человеческих клеток. Тогда это было бы готово разразиться как пандемия.

Если это произошло, в отчетах больниц должны быть следы людей, инфицированных медленно развивающимся вирусом. Но пока ничего не обнаружено. Согласно отчету ВОЗ о происхождении вируса , дозорные больницы в провинции Хубэй, где находится город Ухань, регулярно проводят мониторинг гриппоподобных заболеваний, и «никаких доказательств, свидетельствующих о значительной передаче SARSCoV-2 в месяцы, предшествующие декабрьской вспышке, не наблюдалось. . »

Поэтому трудно объяснить, как вирус SARS2 естественным образом заимствовал свой сайт расщепления фурином, будь то мутация или рекомбинация.

Остается эксперимент с усилением функции. Для тех, кто думает, что SARS2, возможно, сбежал из лаборатории, объяснение сайта расщепления фурина вообще не проблема. «С 1992 года вирусологическое сообщество знает, что единственный верный способ сделать вирус более смертоносным - это предоставить ему сайт расщепления фурином на стыке S1 / S2 в лаборатории», - пишет Стивен Куэй, биотехнологический предприниматель, интересующийся происхождением SARS2. . «В открытой литературе опубликовано не менее 11 экспериментов по увеличению функциональности, в которых добавлен сайт фурина, чтобы сделать вирус более инфекционным, в том числе доктором Чжэнли Ши, руководителем исследования коронавируса в Институте вирусологии Ухани».

4) Вопрос о кодонах. Есть еще один аспект сайта расщепления фурина, который еще больше сужает путь для естественного происхождения.

Как все знают (или, по крайней мере, могут вспомнить из средней школы), генетический код использует три единицы ДНК для определения каждой аминокислотной единицы в белковой цепи. При чтении группами по 3 единицы 4 различных типа ДНК могут определять 4 x 4 x 4 или 64 различных триплета или кодонов, как они называются. Поскольку существует всего 20 видов аминокислот, кодонов более чем достаточно, что позволяет определять некоторые аминокислоты более чем одним кодоном. Например, аминокислота аргинин может быть обозначена любым из шести кодонов CGU, CGC, CGA, CGG, AGA или AGG, где A, U, G и C обозначают четыре различных типа единиц в РНК.

Вот где становится интересно. У разных организмов разные предпочтения кодонов. Клетки человека любят обозначать аргинин кодонами CGT, CGC или CGG. Но CGG - наименее популярный кодон аргинина коронавируса. Имейте это в виду, глядя на то, как аминокислоты в сайте расщепления фурином кодируются в геноме SARS2.

Теперь функциональную причину, по которой SARS2 имеет сайт расщепления фурином, а его двоюродные вирусы нет, можно увидеть, сопоставив (в компьютере) строку из почти 30 000 нуклеотидов в его геноме с нуклеотидами его двоюродных коронавирусов, из которых наиболее близким из известных на данный момент является RaTG13. По сравнению с RaTG13, SARS2 имеет вставку из 12 нуклеотидов прямо на стыке S1 / S2. Вставка представляет собой последовательность T-CCT-CGG-CGG-GC. CCT кодирует пролин, два CGG - два аргинина, а GC - это начало кодона GCA, который кодирует аланин.

У этой вставки есть несколько любопытных особенностей, но самая странная - это наличие двух расположенных бок о бок кодонов CGG. Только 5 процентов кодонов аргинина SARS2 являются CGG, а двойной кодон CGG-CGG не был обнаружен ни в одном другом бета-коронавирусе. Так как же SARS2 приобрел пару кодонов аргинина, которым отдают предпочтение человеческие клетки, но не коронавирусы?

Перед сторонниками естественного возникновения стоит непростая задача объяснить все особенности сайта расщепления фурина SARS2. Они должны постулировать событие рекомбинации на участке генома вируса, где рекомбинации редки, и вставку 12-нуклеотидной последовательности с двойным кодоном аргинина, неизвестным в репертуаре бета-коронавируса, в единственном участке генома, который мог бы значительно увеличить заразность вируса.

«Да, но ваша формулировка делает это маловероятным - вирусы - специалисты по необычным событиям», - таков ответ Дэвида Л. Робертсона, вирусолога из Университета Глазго, который считает побег из лаборатории теорией заговора. «Естественно, рекомбинация у этих вирусов очень, очень часта, в спайковом белке есть контрольные точки рекомбинации, и эти кодоны кажутся необычными именно потому, что мы не отобрали достаточно образцов».

Робертсон прав в том, что эволюция всегда дает результаты, которые могут показаться маловероятными, но на самом деле таковыми не являются. Вирусы могут генерировать неисчислимое количество вариантов, но мы видим только один из миллиарда, который выбирается естественным отбором для выживания. Но этот аргумент можно зайти слишком далеко. Например, любой результат эксперимента по увеличению функции можно объяснить как результат, к которому эволюция пришла бы вовремя. А в игру с числами можно играть и по-другому. Для того чтобы сайт расщепления фурином возник естественным образом в SARS2, должна произойти цепь событий, каждое из которых весьма маловероятно по причинам, указанным выше. Длинная цепочка из нескольких невероятных шагов вряд ли когда-нибудь завершится.

СВЯЗАННЫЕ С:
Присоединяйтесь к нам, чтобы узнать о новой ядерной позиции Великобритании: что это значит для глобального ядерного порядка
Для сценария побега из лаборатории двойной кодон CGG не является сюрпризом. Кодон, предпочтительный для человека, обычно используется в лабораториях. Таким образом, любой, кто хотел вставить сайт расщепления фурином в геном вируса, синтезировал бы последовательность, производящую PRRA, в лаборатории и, вероятно, использовал бы для этого кодоны CGG.

«Когда я впервые увидел сайт расщепления фурина в вирусной последовательности с его аргининовыми кодонами, я сказал своей жене, что это дымящийся пистолет для происхождения вируса», - сказал Дэвид Балтимор, выдающийся вирусолог и бывший президент Калифорнийского технологического института. «Эти особенности бросают серьезный вызов идее естественного происхождения SARS2», - сказал он. [1]
Третий сценарий происхождения. Есть вариант сценария естественного появления, который стоит рассмотреть. Идея заключается в том, что SARS2 перескочил непосредственно с летучих мышей на людей, не проходя через промежуточного хозяина, как это сделали SARS1 и MERS. Ведущим сторонником вируса является вирусолог Дэвид Робертсон, который отмечает, что SARS2 может атаковать несколько других видов помимо человека. Он считает, что вирус развил универсальную способность еще у летучих мышей.. Поскольку летучие мыши, которыми он заражается, широко распространены в южном и центральном Китае, у вируса было достаточно возможностей перейти к людям, хотя, похоже, он сделал это только в одном известном случае. Тезис Робертсона объясняет, почему до сих пор никто не обнаружил следов SARS2 ни в одном промежуточном хозяине или в популяциях людей, обследованных до декабря 2019 года. Это также объясняет загадочный факт, что SARS2 не изменился с момента своего первого появления у людей - он не изменился необходимо, потому что он уже может эффективно атаковать клетки человека.
Однако одна проблема с этой идеей заключается в том, что если SARS2 перескочил с летучих мышей на людей одним прыжком и с тех пор не сильно изменился, он все равно должен хорошо заражать летучих мышей. А похоже, что это не так.

«Протестированные виды летучих мышей плохо инфицированы SARS-CoV-2, и поэтому они вряд ли могут быть прямым источником заражения человека», - пишут ученые группы, скептически относящиеся к естественному появлению.

Ради получение грантов современное научное сообщество готово пойти на любую подлость - 3

Subscribe

  • Post a new comment

    Error

    default userpic

    Your reply will be screened

    Your IP address will be recorded 

    When you submit the form an invisible reCAPTCHA check will be performed.
    You must follow the Privacy Policy and Google Terms of use.
  • 2 comments